La conservación de la biodiversidad ha demostrado que se requiere un trabajo articulado del sector público, privado y la sociedad civil, de lo contrario cada vez se hará más difícil mantener el planeta habitable. La relación entre el bienestar humano y los servicios ecosistémicos es innegable, sin embargo, el reto está en preservar el capital natural y satisfacer las necesidades de consumo sin impactar desmedidamente los recursos. Los mercados de biodiversidad actualmente aportan a este reto al conectar proveedores (dueños de áreas) que ofertan servicios ecosistémicos con un comprador (empresas, personas) dispuesto a pagar para mantener los atributos de los ecosistemas. Este documento presenta las bases conceptuales y principales desafíos sobre las Compensaciones por Pérdida de Biodiversidad (a nivel global y para Colombia), para luego introducir los Sistemas de Créditos de Biodiversidad como uno de los mecanismos que se implementa actualmente alrededor del mundo para compensar impactos, principalmente en bancos de hábitat. Aquí se describen diferentes casos de estudio (de América, Europa y Australia), siendo Estados Unidos el más antiguo y exitoso, con cerca de 1500 bancos. En Colombia, se propone cómo los Sistemas de Créditos de Biodiversidad representan una oportunidad y cuáles son los principales retos para integrar el mercado tanto obligatorio como voluntario, donde interactúen múltiples instrumentos de conservación, con un enfoque de paisaje integral.